Il liceo Foscarini è entrato negli anni 2000 ormai riunificato con il Convitto Nazionale omonimo; la riunificazione data infatti dal 1 Set 1995 quando il Rettore del Convitto prof.Umberto Secci assunse la carica di Preside del Liceo.

Il primo anno della riunificazione fu segnato da due eventi di segno opposto: la definitiva chiusura della succursale del Lido ormai ridotta a sole due classi, e la nascita del sito web del Liceo (vedi la cronistoria del sito web) uno dei primi siti web di liceo in Italia.

Con la nomina del prof.Rocco Fiano a Rettore (Dirigente Scolastico) il 1 Set 2000 il liceo Foscarini è entrato nel nuovo secolo con rinnovato vigore in vista dell'appuntamento con il bicentenario del 2007. I primi anni 2000 vedono una crescita delle iscrizioni che porta alla riapertura della sezione C nel 2002 e a quella di una sezione D nel 2004.

Nel dicembre 2003 viene inaugurato in due locali a piano terra il Museo di Fisica Traversi, che mette finalmente a disposizione del pubblico la ricca collezione di strumenti del laboratorio di Fisica.